A Valláskutató Intézet célja a vallás és az egyházak tudományos jellegű kutatása Romániában, Erdélyre fókuszálva. Létrejöttét az indokolta, hogy Romániában a vallás megőrizte társadalmi jelentőségét, a vallás fontos identitás-forrást képez, az egyházaknak pedig szerteágazó, a társadalom egészére kiható társadalomszervező tevékenységük van. Így a vallás és az egyházak kutatása valláspolitikai, identitás- és társadalompolitikai szempontból egyaránt kiemelt fontosságú. Erdélyben, különböző tudományterületeken számos felsőoktatásban dolgozó szakember foglalkozik valláskutatással. Ezek tevékenységét összehangoló intézményi-szervezeti forma azonban mindmáig nem jött létre – egyéb tevékenységei mellet a Valláskutató Intézet ezt az integráló szerepet is be kívánja tölteni.
A Valláskutató Intézetet a Magyar Unitárius Egyház alapította és tartja fenn, működésében és tevékenységeiben azonban a más felekezetekkel való együttműködésre törekszik.
A Vallásszabadság Házában helyet kapó Valláskutató Intézet, tevékenysége által a vallásszabadság történelmi eszméjét a mai erdélyi társadalom valóságába igyekszik átemelni, az egyházi együttélést elősegítő felekezetközi valláskutatás serkentése és összehangolása által.
Az Intézet céljai:
- Valláskutatások tervezése és kivitelezése.
- Az erdélyi magyar valláskutatás összefogása, a kutatók bevonása az intézet munkájába.
- A felekezetközi együttműködés elősegítése a valláskutatásokban.
- Konferenciák és más szakmai fórumok szervezése.
- Tanulmányok és kutatási eredmények közlése, kiadványok megjelentetése.
- Vallástudományi kutatások eredményeinek népszerűsítése.